بیست و دو سال بعد از عبور ناصرالدین شاه ، مظفرالدین شاه قاجار نیز در جریان نخستین  سفرش به فرنگســــتان  همچنان در جلفا از ارس گذشته است . و در سفر نامه اش چنین یاد کرده است :

امروز (بیست محرم 1318 هجری قمری برابر با بیست مه 1900 ) باید از جلفای خاک خودمان به جلفای روس برویم و به سلامت از رود ارس بگذریم . صبح که از خواب برخاستیم هوا به طوری منقلب و رعد و برق بود و باران می بارید که ما فوق نداشت و چون خدام حرم می خواستند رفتن و عبور ما از رودخانه تماشا کنند و عمارت پستخانه خوب مشرف ، رودخانه نبود ، دوباره اینجا را که منزل ما و مشرف به ارس است ، قرق فرمودیم وحرم به اینجا آمدند . تا دو ساعت به غروب مانده که وقت حرکت ما بود ،جناب اشرف صدراعظم فرستادند که موقع حرکت است . از اندرون بیرون آمدیم ، ولیعـــهد همراه ما بود . جناب اشرف صدراعــظم و وزیــر دربار موثق الدوله، وزیر همایون ارفع الدوله ، و امین حضرت با لباس رسمی در جلو درب حاضر بودند و طرفین را ، ایرانیها ، اهل اردو و افـــــواج و ســــوار حـــاضر رکـــاب و موزیکانچی ها و قزاق ها که همراه هستند  ، گرفته تا لب رود ارس با کمال نظـــم صف بسته ،ایستاده بودند . قایق مارا لب رود حاضر کرده بودند ، توکــــل به فضــل خدای تعالی نموده  ، داخل قایق شده ، روی صندلی که برای ما گذارده بودنـــد ، نشستیم . اشخاصی که در قایق ما بودند از این قرار است :

ولیعهد اعتماد السلطنه جلو ما ایستاده و تماشا میکرد . جناب اشرف صدراعظم

 و وزیر دربار و وزیر همایون و امین حضرت که قوری آب یخ در دست داشت جلوی روی ما  ایستاده ، و مشغول عرض و صحبت بودند .

قایق مارا عملجات که لخت شده اند ، توی آب با طناب می کشند ، وضع این رودخانه در اینجا این است که بواسطه بلندیهای زمین که در وسط رودخانه پیدا است رود خانه را به دو شعبه منشعب کرده است . از یک طرف قایق راکب را میرساند به جزیره ، از آنجا پیاده شده داخل جزیره می شود و از طرف دیگر به قایق روسها سوار می شود که با مفتولی از آهن ، مثل طناب کلفت مهار کرده ، به ساحل آنطرف می کشند و راکبین را با کمال سهولت به خشکی می رساند .

خلاصه ما قدری که با قایق رفتیم ، بلند شده بطرف ایران و اهالی خودمان دستمال تکان داده و اظهار لطف و مهربانی کردیم که یک مرتبه تمام مردم دست به دعا و سلام صلوات بلند کرده ،هیجان غریبی برای آنها دست داد ، بما هم حالت موثری رخ نمود .

قایق ما به محاذی جزیره نرسیده ، قدری از راه و رسم معمول پائین تر رفت ، خیلی اسباب اضطراب مردم شده بود. بحمدالله سالماً به جزیره رسیدیم و از آن   طرف سوار شده ، به ساحل رود رفتیم .